Eine gut gehende Kultur von Paramecium aurelia diente als Anschau- ungsmaterial, um die spezifische rote Färbung von sauren Organellen der Wimpertiere zu studieren. Eine Eigenschaft des Acridinorange ist seine Metachromasie, welche Färbungen in einem bunten Farbspektrum von Grün über Gelb, Orange bis Rot bietet. Vermutlich ist die Metachromasie begründet auf unterschiedlichem pH und verschiedener Konzentration des basischen Farbstioffs in sauren Organellen. Die Färbung ermöglicht differenzierte Darstellung verschiedener Zellorganellen, wie Zellkern und Nahrungsvakuolen und den Acidosomen von Paramecium, welche wohl Verdauungssekrete in die Nahrungsvakuolen befördern. Die Erklärung der Phänomene wurde in verschiedenen Publikationen versucht, ist jedoch bis heute weitgehend unverstanden. Daher bietet Acridinorange noch viel Spielraum für den Forscherdrang des Amateurs, um seine Färbungen zu erklären. Anhand der Untersuchung ungefärbter Präparate traten die Wimpertiere zuletzt noch den Gegenbeweis an: Die zu beobachtende Rotfärbung der Organellen ist nicht auf Autofluoreszenz des Chlorophyll von Grünalgen zurückzuführen, welche eventuell gefressen wurden. In der Kultur waren nach einer Woche Aufenthalt im Dunkeln im Präparat keine Algen mehr nachweisbar. Ohne Färbung mit Acridinorange blieben die Präparate dunkel.